Pada mulanya Departemen Ilmu-Ilmu Sosial Ekonomi Pertanian, Fakultas Pertanian IPB bersambut dengan penataan program studi (SK Mendikbud RI No. 0311/U/1994), adanya program studi sarjana (1) Manajemen Agribisnis, (2) Ekonomi Pertanian  Sumberdaya dan (3) Program Studi Sarjana Komunikasi dan Pemberdayaan Masyarakat serta dikembangkan (4) Program Ekstensi Manajemen Agribisnis (2000). Untuk program diploma diselenggarakan : (1) Program Diploma III Manajemen Agribisnis (MAB) tahun 1998 dan (2) Program Diploma III Bisnis dan Koperasi (MBK) tahun 2003, sebagai perubahan dari program studi (D3) Manajer Koperasi yang sudah ada jauh sebelumnya.

Selain itu diselenggarakannya program studi pascasarjana untuk program magister dan doktor, meliputi program pascasarjana : (1) Ilmu Ekonomi Pertanian, (2) Sosiologi Pedesaan, dan (3) Ilmu Perencanaan Pembangunan Wilayah dan Daerah. Departemen ini juga mengembangkan program pascasarjana profesional, yaitu : (1) Magister Pembangunan Daerah dan (2) Magister Pemberdayaan Masyarakat. Bagian Agribisnis merupakan komponen sumberdaya akademik tak terpisahkan di lingkungan Departemen Ilmu-ilmu Sosial Ekonomi Pertanian, Fakultas Pertanian IPB dan kontribusi pada penyelenggaraan akademik (Tridharma Perguruan Tinggi) bidang agribisnis.

Pemikiran pembentukan Departemen Agribisnis dilakukan dengan memanfaatkan momentum penataan departemen-departemen di IPB. Selama ini Bagian Agribisnis telah mengambil sikap untuk berkonsentrasi mendukung pemikiran bagi (1) pembentukan satu departemen berbasis sosial-ekonomi pertanian (dalam arti luas) yang memadukan sumberdaya sekaligus potensi pasar pendidikan berbasis sosial ekonomi; dan (2) pembentukan fakultas berbasis sosial ekonomi (ide Fasosek), hingga pembentukan Fakultas Ekonomi dan Manajemen (FEM) tahun 2001 (SK Rektor IPB No. 059/K13.12.1/OT/2001).

Respon terhadap sikap Bagian Agribisnis yang berpikir mengenai kepentingan IPB secara keseluruhan, dalam pembahasan di tingkat adhoc IPB, senat IPB dan keputusan Rektor IPB ditetapkan Departemen Agribisnis sebagai salah satu departemen pengampu program di IPB (SK Rektor IPB No. 001/K13/PP/2005), dengan mandat “pengembangan ilmu dan wawasan bisnis bidang pertanian, perikanan, peternakan dan kehutanan melalui pendekatan sistem dan kewirausahaan”, dan berkoordinasi pada Fakultas Ekonomi dan Manajemen IPB (SK Rektor IPB No. 112/K13/OT/2005 tanggal 2 Agustus 2005).

Tanggungjawab mandat keilmuan didasari suatu kesadaran sepenuhnya akan pentingnya pendidikan agribisnis di Indonesia (dan juga di dunia), yakni pendidikan bisnis yang bersifat multidisiplin dengan memadukan ilmu-ilmu sosial, ekonomi, dan manajemen, didukung oleh teori sistem dan terapan teknologi dan materi sumberdaya hayati (pertanian, perikanan, peternakan dan kehutanan) yang mencirikan kompetensi lulusannya.